Evangelikų liuteronų parapijos steigimo poreikis Švėkšnoje atsirado XVII a. pabaigoje, o ypač XVIII a. pradžioje, kai čia iš Prūsijos atsikėlė lietuvių ir vokiečių amatininkų.
Pirmoji liuteronų bažnyčia pastatyta 1819 metais, kur šiuo metu stovi šv. Florijono paminklas, bet 1856 metais ją nusiaubė gaisras. Dabartinė bažnyčia pastatyta 1867 metais, bokštas pristatytas 1913 m.
Kai kurie nepamatuoti šaltiniai teigia, kad esą visi Švėkšnos evangelikai liuteronai buvę vokiečiai. Atvirkščiai, dauguma jų buvo lietuviškos kilmės, su lietuviškomis pavardėmis (pvz., Naujokas, Gintautas, Kalvaitis, Endrulis ir kt.).
2005 metais bažnyčią nuniokojo uraganas „Ervinas“. Stiprus vėjas nudraskė bažnyčios stogą, lietus apliejo ir taip perdrėkusią vakarinę altoriaus sieną. Bažnyčia skubiai sutvarkyta ir mes toliau galime grožėtis daugiau nei 150 metų senumo statiniu.