1993 m. Švėkšnos vidurinės mokyklos muziejus tapo Šilutės muziejaus (dabar Šilutės Hugo Šojaus muziejaus) filialu ir įkurtas viename iš Švėkšnos dvaro pastatų, buvusių Švėkšnos parko teritorijoje, netoli katalikų bažnyčios ir „Genovaitės“ vilos. Nuo 2005 m. muziejus veikia naujose patalpose – Švėkšnos „Saulės“ gimnazijos pastate. Nemažai šio muziejaus eksponatų priklausė Švėkšnos dvarui. Gausus senosios raštijos palikimas, vienas vertingiausių leidinių – XVII a. Lietuvos Statutas.
Dabar Švėkšnos ekspoziciją sudaro 4 skirtingos ekspozicijų salės: etnografijos, archeologijos, dvaro ir miestelio istorijos. Ekspozicijos ir parodos keičiamos pagal poreikį.