Nuo XVI a. vid. iki XIX a. ketvirto dešimtmečio Šilokarčemos, Žibų ir Verdainės kaimų gyventojai buvo laidojami Verdainės bažnyčios šventoriuje. Ilgainiui, augant gyvenvietėms ir daugėjant gyventojų, kapinės tapo per mažos. 1832 m. atidarytos naujos Verdainės evangelikų kapinės dabartinių Geležinkelio ir Tilžės gatvių sandūroje. Pasiturintys gyventojai naujose kapinėse įsirengdavo šeimos kapavietes su laidojimo rūsiais, jas aptverdavo metalinėmis tvorelėmis. Palaidojimo vietą arba kapavietę dažniausiai žymėdavo kaltais arba lietais kryžiais. Vėliau kapinės aptvertos metaline tvora ir apie 1907 m. jose pastatyta mūrinė šarvojimo koplyčia.
Po 1945 m. kapinės buvo sistemingai naikinamos, kol 1962 m. buvo nuspręsta jas uždaryti. Neprižiūrimi kapai susmuko, koplyčia liko be langų stiklų.
2009 m. pradėta koplyčios renovacija, kuri 2013 m. gegužės 25 d. pašventinta ir atidaryta.
Šiose kapinėse palaidoti rašytojo Hermano Zudermano tėvai, išlikusios knygininkų Sekunų, Štalių šeimų kapavietės.