Pirmoji rašytinė žinia apie šią bažnyčią žinoma iš 1544 m. Prūsijos kunigaikščio Albrechto rašto apie pamaldas lietuvių ir vokiečių kalbomis. Po Melno taikos Rusnės apylinkės priklausė vokiečių ordinui. Vėjarodė ant bažnyčios bokšto liudija pirmuosius jos statybos metus – 1419 m. Iki 1541 m. bažnyčia priklausė katalikų parapijai, ir tik vėliau, įsigalėjus reformacijai, visi gyventojai turėjo pripažinti Liuterio mokymą. 1583 metais prie bažnyčios veikė parapijos mokykla – viena iš pirmųjų Klaipėdos krašte.
Bažnyčią, pastatytą XVIII a., niokojo 3 gaisrai (1739, 1774, 1789). Nauja bažnyčia, sumūryta iš plytų, pašventinta 1809 m.
Dabartinis mūrinis pastatas iškilo XIX a. Sovietmečiu ilgą laiką bažnyčia buvo uždaryta, gausus jos turtas sunaikintas, pats pastatas atiduotas Rusnės pagalbinei internatinei mokyklai. Čia buvo mokyklos sporto salė, katilinė. 1991 m. pradėta tvarkyti senoji Rusnės bažnyčia, pamaldas atnaujino diakonas Gintaras Pareigis.