1856 m. Vainute pastatyta maža medinė bažnyčia. Ją vyskupas Motiejus Valančius išpeikė, paragino statyti mūrinę, pažadėjo parūpinti projektą. Tad 1860 metais pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia. Tačiau inžinieriaus Dambrausko projektas per 1863 m. sukilimą dingo. Valdžia 1864 m. statybą sustabdė. Po įvairių prašymų 1866 m. leista statyti. 1869 m. pastatyta ir įrengta neobaroko stiliaus bažnyčia.
Bažnyčia stačiakampio plano, dvibokštė, su apside. Joje 3 altoriai. Šventoriaus tvora akmenų mūro.