Pierwsza wzmianka o tym kościele pochodzi z 1544 roku – w liście księcia Prus Albrechta wspomniano o nabożeństwach w języku litewskim i niemieckim. Po pokoju melneńskim okolice Rusnė należały do zakonu krzyżackiego. Wiatrowskaz na wieży kościelnej wskazuje na rok 1419 jako początek budowy.
Do 1541 roku kościół należał do parafii katolickiej, ale po rozprzestrzenieniu się reformacji wszyscy mieszkańcy przyjęli naukę Lutra.
W 1583 roku przy kościele działała parafialna szkoła – jedna z pierwszych w regionie Kłajpedy.
Kościół z XVIII wieku uległ zniszczeniu w trzech pożarach (1739, 1774, 1789). Nowy, murowany z cegły, został poświęcony w 1809 roku.
Obecny budynek pochodzi z XIX wieku. W czasach sowieckich kościół był zamknięty, jego mienie zniszczone, a budynek przekazano pomocniczej szkole z internatem w Rusnė – mieściła się tam sala sportowa i kotłownia.
W 1991 roku rozpoczęto renowację starego kościoła w Rusnė, a nabożeństwa wznowił diakon Gintaras Pareigis.